בצער רב התקבלה הידיעה הכואבת על פטירתו ביום שבת קודש של הרב שמואל אשר בעגון ע"ה – משלוחי הרבי מלך המשיח בס. פאולו בברזיל. נפטר לאחר שהתמודד במסירות עם מחלה קשה, והוא בן 65 שנים בפטירתו.
במשך חייו, הקדיש קרוב לארבעה עשורים לחינוך יהודי ודאגה רוחנית לדורות של תלמידים. הוא שימש במשך שנים רבות כמנהל ת"ת חב"ד ליובאוויטש ס. פאולו, והיה דמות מרכזית ופעילה בשליחות הרבי מה"מ בברזיל.
היה ידוע כבעל לב חם ושיטות חינוכיות ייחודיות, בחייו, פיתח הרב בגון ע"ה מערכות לימוד מקוריות שאיפשרו גם לילדים בעלי רקע בסיסי להבין חומרי לימוד מורכבים. יצירותיו החינוכיות, כולל ספרים, מערכי שיעור, וחומרי עזר ויזואליים – חלקם בעיצובו הגרפי האישי,הפכו לכלי עבודה בסיסיים במוסדות חינוך יהודיים ברחבי המדינה.
בנוסף, המנוח ע"ה היה מחברו של כרך אנציקלופדיה מיוחד המתאר את ציר הזמן של מאורעות התורה והנ"ך, שנועד להעניק הקשר היסטורי ללומדי התנ"ך.
יחד עם רעייתו, מרת רעיה תחי' (לבית משפחת לבנהרץ), ביתם בשכונת מורומבי בס. פאולו היה פתוח מדי שבת לאורחים רבים.
לאחר שאובחן בשנה שעברה בגידול מוחי קשה, התאחדו תלמידיו וחבריו מרחבי העולם על מנת לתמוך בו ובמשפחתו בתקופת הטיפולים בניו יורק. אך לדאבון כולם, בשבת האחרונה השיב את נשמתו ליוצרה בעיר זו.
המנוח ע"ה הותיר אחריו את רעייתו רעיה תחי', ואת ילדיו: גב' פייגי לפידוס – בואנוס איירס, ארגנטינה; גב' חני פלדמן, ר' שמחה בגון ור' מנדי בגון – קראון הייטס, ניו יורק; ר' דובי בגון – מיאמי, פלורידה; גב' אתי לבקובסקי – לוס אנג'לס, קליפורניה; ואת נכדיו.
הותיר אחריו גם את אביו, הרב צבי אריה בגון – שליח הרבי בס. פאולו, ואת אחיו ואחיותיו: הרב מנחם מענדל בגון, גב' רוזי נפרסטק, גב' חנה אנדה, והרב מוטי בגון – כולם בסאו פאולו; גב' שטרני לו – פיצ'טרי, ג'ורג'יה.
הלווייתו תתקיים היום, יום ראשון י"ג תשרי בשעה 12:00, ליד בית חיינו – 770, בדרכה לבית החיים ע"ש מונטיפיורי בקווינס, שם ייטמן.
המשפחה תשב 'שבעה' בבית המשפחה ברחוב מונטגומרי 501 (כניסה מהצד), יום ראשון: 17:00–22:00, יום שני: 9:00–16:00.
ויה"ר שתיכף ומיד יקויים היעוד "הקיצו ורננו שוכני עפר" והוא בתוכם.