אחרי הטלטלה שעברה צמרת השב"ס בעקבות חילופי ההאשמות לאחרונה בין השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר לנציבת שב"ס היוצאת, במהלכן צוטטו דבריו של השר בישיבת ממשלה בה נטען שאמר כי "אין כיום בצמרת השב"ס קצין חזק ומנוסה ללא רבב", נכנס היום קובי יעקובי לתפקידו באופן רשמי כממלא מקום נציב שב"ס.
בישיבה הראשונה שקיים מ"מ נציב שב"ס, עם סגל הפיקוד הציג לקצינים הבכירים את עיקרי הנושאים שברצונו לקדם, בהתאם למדיניות השר לביטחון לאומי ובהם:
• הפיכת שב"ס לחוליה חשובה ומרכזית בשרשרת הלחימה בטרור ובפשיעה
• החמרת תנאי הכליאה של האסירים הביטחוניים (אף כי הדבר דרוש החלטת קבינט)
• הקמת גוף מטה ייעודי לטיפול מקצועי באסירים הביטחוניים בכלל האגפים ובתי הסוהר
• וכן לקדם את נושא החסימה הסלולרית בבתי הכלא.
• בנוסף הודיע יעקובי כי בכוונתו לקדם הקמת אגף ייעודי ובהמשך מתקן ייעודי לארכי-מחבלים וראשי ארגוני פשיעה.
בישיבה הבהיר כי הנחה את יועמ"ש שב"ס לקדם במהירות תיקון לפקודת בתי הסוהר, כך שבדומה למשטרת ישראל, וכיאה לגוף בטחוני, יעברו קציניו הבכירים של הארגון ובעלי התפקידים הרגישים, בדיקות התאמה תעסוקתית הכוללות פוליגרף כערובה לטוהר מידות ולאמון הציבור במשרתיו.
כן החליט כי תג"ד עירן נהון ישוב לשרת כיועמ"ש שירות בתי הסוהר וזאת לאחר שהושעה מתפקידו בעקבות סכסוך שפרץ בינו לבין נציבת שב"ס היוצאת.