תקופת הקורונה מהווה אתגר גדול למוסדות החינוך בכלל ולישיבות בפרט. אתגרים כלכליים, חינוכיים – אסטרטגיות חינוך ולימוד חדשניות והתמודדות עם כל ההוראות וההנחיות של משרדי הממשלה למוסדות החינוך.
הנהלת הישיבה הגדולה בצפת בראשות ראש הישיבה הרב יוסף יצחק ווילשאנסקי, החל מהרגע הראשון של המשבר הכללי, הובילה תהליך של שמירה על סדרי ישבה מלאים לכלל התלמידים בכל המצבים המשתנים, החל מניהול הסדרים באמצעות המרחב הטלפוני, שיעורים, התוועדויות ושיחות קבוצתיות על ידי רבני הישיבה שנרתמו בכל כוחם ומאודם להתמסר לטובת התמימים.
במהלך החודשים החולפים, מאז ניתנה האפשרות לפתוח את הישיבה במתווה הקפסולות, עמלה הנהלת הישיבה על התאמת המבנים בהתאם לכללי הבריאות – התאמות שעולות דמים מרובים תרתי משמע. יחד עם זאת מפעילה הישיבה סדרי לימוד בערוצים מקבילים להם נדרשים משאבים רבים, ברחבי הארץ כולה. בהיכל הישיבה לומדים אברכי הכולל והתלמידים המתגוררים בצפת, עשרה סניפים של הישיבה נפתחו בערים שונות ברחבי הארץ, אליהם מגיעים במהלך השבוע הר"מים המשפיעים והמשגיחים לשיעורים והתוועדויות ובמבנה הפנימיה נפתחו 'קפסולות' בהתאם להנחיות סם נמסרים שיעורים, ומתקיים סדקי לימוד, התוועדויות עם המשפיעים ועם משפיעים אורחים.
בימים אלו התאחדו הקפסולות לאחר שעברו את זמן הבידוד.
הנהלת הישיבה אינה מסתפקת בכך, ומכינה תוכנית רחבה לקליטת כל התלמידים באופן מלא, על אף הקשיים והעלויות הרבות הכרוכות ביישום ההנחיות והתוכניות החדשות – כך שכל תמים יוכל להגיע לישיבה, לגדול ולהתחנך כרצון קדשו של המשלח כ"ק אד"ש מלך המשיח.
כל זאת בנוסף לסדרי הישיבה הקטנה המתקיימים כיום באופן מלא בהתאם להנחות הבריאות, בישיבה הקטנה בעיר, בהמשך לפעילות מלאה בכל החודשים האחרונים במתכונת מושקעת ונרחבת בכל האמצעים, עם נגישות ושמירת קשר עם כלל התלמידים.