על אף ההתנגדות של היועמ"שית, הממשלה אישרה את הקמת הוועדה לחקירת תוכנת הפגסוס, שיזם שר המשפטים יריב לוין. קודם ההחלטה יצא ראש הממשלה נתניהו מהדיון, בעקבות ניגוד העניינים בו נמצא, בגלל תיקיו העומדים בבית המשפט.
הרקע להחלטה היא שורת מקרים בו התגלה כי רשויות החוק עקבו אחר אזרחים ואישים ציבוריים בשימוש בתוכנת הפגסוס, שנועדה לשימוש במקרים חריגים בלבד, לדוגמא אחר טרוריסטים ופושעים מסוכנים.
קדם לישיבת הממשלה, עימותים בין היועצת המשפטית לבין שרי הממשלה, בעקבות התנגדותה להקמת הוועדה הזאת, לכאורה משום מעורבותה באותם מעקבים. בין הדברים אמרה לשר יריב לוין: לוועדת פגסוס שאתה מבקש להקים אסור לדון בתיקים תלויים ועומדים בדגש על תיקי נתניהו.
שר המשפטים דחה את הביקורת של היועמשי"ת וכתב: השבתי ליועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב מיארה, לעניין מכתבה על סמכויות ועדת הבדיקה הממשלתית לפרשת הרוגלות (פגסוס). במכתבי ציינתי כי עצם התערבות היועמ״שית בנושא שאמור, בין היתר, לבדוק את אופן התנהלות הגוף שהיא עומדת בראשו, מעלה פליאה רבה, וכי ניגוד העניינים בו מצוי הייעוץ המשפטי לממשלה בנושא זה זועק לשמיים.
משכך, הודעתי ליועצת המשפטית לממשלה כי אפעל ללא דיחוי לאישור הקמת ועדת הבדיקה."
הבוקר בישיבת הממשלה, החליטה הממשלה על הקמת הוועדה, שתבדוק את אותם תיקים, ותחקור את כל המעורבים בתוכם היועצים המשפטיים, פרקליטי המדינה ועוד.
שר המשפטים יריב לוין:
ועדת הבדיקה, שמוקמת בהתאם להצעתי, קיבלה באישור הממשלה סמכויות חקירה, ותוסמך לבדוק את התנהלות גורמי המשטרה, הפרקליטות ומערכות הפיקוח עליהן, בכל הקשור לביצוע פעולות רכש, מעקב ואיסוף בכלים קיברנטיים אחר אזרחים ונושאי משרה.
כל זאת בשל הצורך לבצע אסדרה מקיפה ולספק תשתית נורמטיבית לשימוש בכלים טכנולוגיים מתקדמים, על מנת לחזק את אמון הציבור שנפגע בעקבות פרשת פגסוס, ונוכח הצורך להגן על הזכות לפרטיות מצד אחד, ולתת בידי גורמי האכיפה כלים אפקטיביים למאבק בפשיעה ובשחיתות מצד שני.
פרשת הרוגלות היא מהחמורות שנחשפו בשנים האחרונות. חשיפת האמת בעניין, ומניעת אירועים דומים של פגיעה אנושה בזכות אזרחי ישראל לפרטיות, היא חיונית וחשובה מאין כמותה. אני מצר על הסתייגות חלק מהגורמים המעורבים בפרשה החמורה לבדיקה מעמיקה של הנושא, חרף ניגוד העניינים החריף בו הם מצויים.
אני סמוך ובטוח שחברי הוועדה, בראשות שופט מחוזי בדימוס, יעשו את עבודתם בחרדת הקודש הראויה לוועדה כה רגישה. אני מודה לחברי הוועדה, לכבוד השופט בדימוס דרורי, לעו״ד רובינשטיין ולמר בן חנן, ומאחל להם הצלחה גדולה במשימה החשובה המוטלת עליהם."